בדיון שנערך היום (ב') בבית המשפט העליון מתחו שופטי בג"ץ סלים ג'ובראן, ניל הנדל ומרים נאור ביקורת קשה נגד הרב אייל קרים בשל התבטאויותיו כלפי הומוסקסואלים ונשים, ודרשו ממנו תצהיר שיבהיר את עמדתו לפסיקות ההלכה שלו. לדבריהם, אם הרב קרים לא יצהיר כי הוא חוזר בו מדבריו תוך יומיים ממתן צו הביניים, מינויו לתפקיד הרב הצבאי הראשי ייפסל. הרב צפוי היה להיכנס תפקיד בעוד שלושה ימים, ונכון לעכשיו מינויו נדחה עד מתן התצהיר.

"כמה שאני מכיר את התורה ואני קראתי אותה, לא נאמרו שם דברים כמו שהרב קרים אמר", ציין השופט ג'ובראן בדיון. "הרב אם הוא מכבד את עצמו, הוא חושב הרבה טרם מתן תשובה. ככה רבנים נוהגים. השאלה כעת, האם הרב קרים חוזר בו? האמירה שלו מפתיעה, פתחתי את התורה ולא מצאתי אותה שם. מה חושב הרב לגבי אישה לא יהודייה בתורה, ומה צריך לעשות בה – דברים כאלה לא ראוי שיאמרו על ידי הרבצ"ר", הוסיף.

"יש פוסקים הרבה יותר גדולים ממנו שאומרים אחרת", הוסיף השופט הנדל והתייחס לגבי הבהרתו בזמנו כי היום הוא לא מתיר את הדברים שפסק לפני שנים. "כאשר הוא אומר שהיום הוא לא מתיר, זה לא מספיק. הוא צריך לומר שזה אסור אז וכיום. אנחנו צריכים ממנו דברים ברורים", אמר הנדל.

שופטי בג"ץ דנו בעתירה שהגישו חברות הכנסת זהבה גלאון, מיכל רוזין ותמר זנדברג מסיעת מרצ נגד מינויו של הרב קרים, זאת בשל התבטאויותיו לאורך השנים שכללו "גילויים קשים של הומופוביה, מיזוגניה וקסנופוביה", לדברי הח"כיות.

בעתירתן נכתב: "מאמירותיו של הרב קרים, עולה שנאת נשים יוקדת וחמורה, הומופוביה וחוסר סובלנות משווע כלפי הקהילה הלהט"בית, ושנאת זרים וגזענות אשר אין להן מקום בחברה הישראלית ובצה"ל בפרט. המדובר בתפקיד חשוב, בכיר ורגיש הנושא אופי ציבורי משמעותי ומרחיק לכת".

"מאמירותיו של הרב, עולה שנאת נשים יוקדת". הח"כיות גלאון ורוזין בדיון בעתירתן. (יונתן זינדל פלאש 90)

"תפיסת עולמו של הרב קרים כלפי חיילים שאינם יהודיים (ובפרט דרוזים ובדואים) המשרתים בצה"ל, מדאיגה", נכתב עוד בעתירה. "בעניינם פסק בעבר הרב קרים כי אלה 'משרתים נאמנה את עמנו', אך 'חיינו קודמים'. דברים מקוממים אלה, מפיו של מי שתפקידו 'לאחד את השורות' בקרב החיילים הלוחמים זה לצד זה, פשוט אינם מאפשרים למנותו לתפקיד. ויובהר, מתוקף תפקידו כרב הצבאי הראשי, הרב קרים יהיה אחראי להספקת שירותי דת גם לחיילים וחיילות המשתייכים למגזרים אותם הכפיש בדבריו", הוסיפו.

את ההומוסקסואלים הגדיר הרב קרים "אנשים חולים או בעלי מום, אשר יש 'לעזור להם להיחלץ ממצבם, עם הרבה רגישות וסבלנות'". על השאלה "האם מותר בימינו לחייל צה"ל לאנוס בחורות בזמן לוחמה, או שדבר זה אסור"? ענה: "אף שהתחברות אל גויה היא דבר חמור מאוד, הוא הותר במלחמה (בתנאים שהוא הותר), מתוך התחשבות בקשיי הלוחמים מאחר שהצלחת הכלל במלחמה עומדת לנגד עינינו". עוד פסק כי מחבלים מתאבדים שנפצעו יש להרוג, פסיקה שנוגדת את פקודות הצבא.